あの宮本武蔵は一人ではなかった。関ヶ原合戦で敗れた西軍総大将・宇喜多秀家を九州の黒田家まで落ち延びさせた宮本武蔵は十六人。宇喜多家に仕える新免忍群の“戦闘忍び”だった。的確に左右二槍を操り、忍び技に優れ、姿格好の酷似した十六武蔵は、敵を攪乱させる“分身の術”の術者達だったのだが、黒田家から島津家へ潜伏先を移した秀家が彼等に命じたのは、徳川を支える重鎮達の暗殺。その第一の目標は彦根城主、“赤鬼”と称された井伊直政だった…。（１巻）
宮本武蔵には、徳川家康が頼みの綱とする武将達を次々倒す大望がある。井伊直政暗殺後、家康の五男・武田信吉暗殺、里見水軍の総帥・義康暗殺。しかし自らも二名を失い、十三名となった。同時に徳川方諸大名の警戒を呼び、近付くことすら容易ではない。ために武蔵は一計を案じた。自ら武芸者として武名を上げ、公然、徳川家康に近付く。その手始めが室町将軍家の剣術師範を務めた吉岡流宗家・吉岡清十郎との果たし合いだった。（２巻）