実験では得にくい分子のミクロの実像を解明する手法としていま最も期待されるコンピュータ・シミュレーション．この手法の初歩から全体像を把握できるように，基礎的な原理や方法論を重視しながら計算の実際までを系統的にかつ丁寧に解説．好評の第1版を「次世代スパコン」時代に合せて大幅に改訂．

序章　コンピュータ・シミュレーションの今日的な役割　─次世代スパコン時代の最強研究ツール／1章　コンピュータ・シミュレーションとは何か　─分子動力学（MD）計算のあらまし／2章　運動方程式の一般的な表し方　─並進運動を記述するための基礎／3章　複雑な分子運動を表す運動方程式　─回転運動を記述するための基礎／4章　分子間に働く力　─分子間相互作用の求め方／5章　運動方程式の数値計算法　─数値的に解くための基礎／6章　長距離力の取り扱い方（Ⅰ）　─エワルドの方法と相互作用計算の高速化／7章　長距離力の取り扱い方（Ⅱ）　─大規模系に適した高速多重極展開法／8章　アンサンブルの発生　─温度と圧力を制御する方法／9章　拘束条件つきの運動方程式の解き方　─拘束の動力学の数値計算法／10章　MD計算から求められる物理量（Ⅰ）　─静的な性質を求めるための基礎／11章　MD計算から求められる物理量（Ⅱ）　─動的な性質を求めるための基礎／12章　MD計算から求められる分子の実像　─緑色蛍光タンパク質（GFP）を例に／13章　配置積分に基づいたシミュレーション　─モンテカルロ法の基礎／14章　自由エネルギー計算法の原理　─化学現象を理解するための最も重要な熱力学量／15章　非平衡系の取り扱い方　─非平衡MD計算の進め方／16章　量子系のシミュレーション　─電子，原子核の取り扱い方