> 多分1977年前後に発売された少女コミックかマーガレット

河あきらさんの『故国（ふるさと）の歌は聞こえない』
（1976年別冊マーガレット4～9月号連載、マーガレットコミックスで全2巻）

ではないかと思います。

> １人息子のいる家に引き取られた少女は1人息子（義兄）にレイプされ家から逃げます、それから放心状態の少女は花屋（園芸？）の老人に保護され一緒に生活をはじめます。
> 数年後に少女と脱走した少年は出会います。

この少女が、作中のヒロイン『沙代』と一致します。ご指摘の「街中で義兄に再会する→自動車を飛び越える」シーンも確かにあります。

あらすじは、およそ次のとおりです。

主人公の青年はセーレン・リアン18歳、B国諜報部員。B国人を父に、日本人を母にもつ。
諜報部員をしていた父は組織を裏切った罪で殺され、その息子セーレンは母の助命を条件に自分も組織に身を置いていたが、母の願いを胸に、諜報活動中に日本へ行く機会を得て組織を脱走、祖父(母の父）を探すべく日本へやってくる。ケガをしてかくまってもらった花屋の孫娘で、母と同じ名前である沙代（ただし母は漢字違いで『小夜』）と出会う。
※実はこの花屋の老人こそ、実は母の父で清の実の祖父であったと、清が花屋を出ていったのち老人が脳溢血で急死し、沙代が遺品の整理をしていて判明します。
その後セーレンこと日本名・和泉　清（せい）と沙代とを軸に、清の保持する機密（マイクロフィルムだった気が…）を追ってきた、もと同僚の腕利き諜報員（男性に見えるが実は女性）に清が銃で撃たれたり、義兄とGFがフィルムを手に入れてB国諜報員に殺されたり、と続いていき、ラストはけっこう暗いです。

お役にたてれば幸いです
　

> 河あきらさんの『故国（ふるさと）の歌は聞こえない』
> （1976年別冊マーガレット4～9月号連載、マーガレットコミックスで全2巻）
> ではないかと思います。

貴重な情報を教えていただきありがとうございます。
こんなに早く判明するとは思いませんでした。
この本の詳細が判っただけでもパソコンを買った甲斐があります。

> この少女が、作中のヒロイン『沙代』と一致します。ご指摘の「街中で義兄に再会する→自動車を飛び越える」シーンも確かにあります。

このマンガを読んだのは歯医者の待合室でした。
傷みも有ったように記憶しています。
発売から1年くらい経った本だったのですね。


> あらすじは、およそ次のとおりです。
>
> 主人公の青年はセーレン・リアン18歳、B国諜報部員。B国人を父に、日本人を母にもつ。
> 諜報部員をしていた父は組織を裏切った罪で殺され、その息子セーレンは母の助命を条件に自分も組織に身を置いていたが、母の願いを胸に、諜報活動中に日本へ行く機会を得て組織を脱走、祖父(母の父）を探すべく日本へやってくる。ケガをしてかくまってもらった花屋の孫娘で、母と同じ名前である沙代（ただし母は漢字違いで『小夜』）と出会う。
> ※実はこの花屋の老人こそ、実は母の父で清の実の祖父であったと、清が花屋を出ていったのち老人が脳溢血で急死し、沙代が遺品の整理をしていて判明します。
> その後セーレンこと日本名・和泉　清（せい）と沙代とを軸に、清の保持する機密（マイクロフィルムだった気が…）を追ってきた、もと同僚の腕利き諜報員（男性に見えるが実は女性）に清が銃で撃たれたり、義兄とGFがフィルムを手に入れてB国諜報員に殺されたり、と続いていき、ラストはけっこう暗いです。
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> お役にたてれば幸いです
> 　
当時、8歳でしたから大雑把にしか記憶してなかったようです。
早速、週末に古本屋を回って探してみます。
ありがとうございました。