それっぽい内容のものを以前図書館で読んだ事があります。
ジャンル的には物理ネタライトノベル？で、語り手の主人公は大学生、ヒロインは天才な女子高生？だったような。
宇宙のつくりかた、のような題だったんだけど違うかも・・。
ハードカバーではなく新書版。イラストは確かによく昨今のライトノベにあるような絵でした。
シリーズ？は見たこと無いです。

その女の子がまだ子供の頃考案したシステムが実際に作られていて、彼女は非常に重要な人物として扱われているけど、ズバ抜けた能力と風評のせいで同年代になじめない。
で、彼女の得意な物理学の分野で学校(というかごく普通の人付き合い？)に慣れる・・ことを目論んで、物理ゼミに参加することになり、お目付け兼世話役のような立場になったのが主人公の大学生。
テーマは「宇宙のつくりかた」・・だった気がします。
作中でシュミレートもしていたはず。

この本であってれば、どなたかタイトルわかるかた居ないでしょうか？

機本伸司さんの『神様のパズル』の内容に似ているように思います。

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4758410038/qid=1140535182/sr=1-1/ref=sr_1_2_1/249-9317901-2961148

既にほかの方が挙げてくださっていますが、
別の本の題だと覚え違いしてたみたいで、今日思い出して図書館で「神様のパズル」で検索してみたら引っかかりました；
理系・神様・女子高生・シミュレートと揃ってるのでやっぱりコレなんでしょうか。

ありがとうございます！！
神様のパズルで間違いないです！
しばらく反応がなかったので諦めてたのですが
今日思い出し、３件あってびっくりしました…。
さっそく探して見ます。