西暦20XX年、謎の物体ゾハルの出現により、地球圏から離れることを余儀なくされた人類。
遙か4000年後―。
約50万の惑星からなる星団連邦を形成していた人類は、正体不明の生命体グノーシスに対抗するべく戦闘用アンドロイドKOS-MOSを開発。
KOS-MOSとその開発者であるシオンは次第に人類とグノーシスのゾハルをめぐる争いに巻き込まれていくことに。
人類創世から終焉までを描く一大叙事詩『ゼノサーガ』のエピソードⅡがノベライズに。