澄空学園に転校してきた双海詩音は、人とあまり交わらず、本ばかり読んで日々を過ごしていた。しかし、同級生の三上智也と出会い、彼の明るさ、真摯な想いにその固く閉ざした心を開く。それから数ヵ月。友達もできてクラスにもうち解けた詩音は、ある時自分の中に潜む智也への想いに気付く。しかし智也には、詩音の大切な友人でもある今坂唯笑という恋人がいた。詩音は智也への想いを断ち切ろうとするが、できない。新しい友人との出会いや別れを通して、詩音はひとつの決断をする…。『メモリーズオフ』『メモリーズオフ2nd』を繋ぐ、ファン必読のストーリー。