高校生であり天才プログラマーである主人公中島朱実は、悪魔をコンピューターの中に呼び出すためのプログラムを構築する。
同時期に学校でいわれのない暴力を振るわれた中島は、復讐の為にそのプログラムを起動し、躊躇していた悪魔召喚を実行に移してしまう。
復讐を果たし、学校での支配権を手にするかわりに、召喚された悪魔ロキは女を代償として求める。
ある時ロキが生贄に要求してきたのは、前世の因縁に引かれてきたかのように転校してきた少女、白鷺弓子だった。
弓子の生贄の儀式の最中、コンピューターの中でしか存在できないと思われていたロキが、現実世界に実体化し本性をあらわして中島に牙を剥いてきた。
その危機を救ったのは、前世の神イザナミの力を覚醒させて弓子であった。
その能力で、ロキの魔手から逃れ東京から飛鳥にテレポートするのだが、ロキとの戦闘で傷を負った弓子は息絶えてしまう。
それをきっかけに前世夫婦神であったイザナミの夫イザナギの記憶を取り戻した中島は、弓子の魂を取り戻すため、自らが呼び出してしまった悪魔ロキとの決着をつける為、使い魔ケルベロスとともにイザナミの墳墓である白鷺塚をめざす。

１巻「デジタル・デビル・ストーリー女神転生」は同名でゲーム化もされている名著。
２巻「デジタル・デビル・ストーリー２魔都の戦士」ではエジプトの悪神セト、そして３巻「デジタル・デビル・ストーリー３転生の終焉」では大魔王ルシファーが登場。
３巻完結で、ゲームとは全く違った衝撃のラストを迎える。

以降、主人公が代替わりし、「新デジタル・デビル・ストーリー」として新たに展開をしていく。