「警告よ。私はもうすぐ寿命で死ぬから、そうなったら塔も消えてしまう。地上に落ちたくなかったら避難した方がいい」

ついに再生をはたした惑星アルシエル。それから５年の歳月を経たが、ソル・クラスタの人々にとって、生活の場はまだ第三塔だった。 いま、第三塔そのものであるティリアの寿命は尽きかけていた。彼女の死、すなわち塔の消滅が目前に迫り、混乱するソル・クラスタ。人々を救うため、アオトたちはティリアの延命作戦を開始するが、それは彼女に苦痛を強いることを意味した。 プレイステーション３で人気を博した同名ゲームのその後を描いた完全新作ストーリー。１・２作目のキャラクターも登場し、第三塔消滅の危機に協力して立ち向かう。そして、ティリアを待つ運命は……？