20XX年、極東で一つの国家が崩壊。その国家の元支配層であった20万人の難民を、日本政府は受け入れ、東京湾の埋立地「CITY」に押し込める。2018年、増加する外国人犯罪に対抗するべく結成された警察の特殊部隊「A.C.A.T」に配属された新人の飛騨陸は、初日から相棒となった赤城美香に連れられて「CITY」に聞き込みに行き、想像もしなかった世界を知る。そこで襲われている幼い姉妹を助けたことから暴動に巻き込まれるが、間一髪で脱出した。こうして彼の命がけの「A.C.A.T」生活が始まった。