地球人である主人公クーゴは試作段階の小型宇宙船「トロモノス号」で滅びゆく地球に代わり、人類の居住可能な惑星を探すため、相棒のスエイプと共に地球から旅立った（独断での発進であり正式な任務ではなかったが、少なくとも惑星Zi接近前には探索任務としての許可は下りたらしい）。
任務中に以前銀河開拓船が遭難した宙域に侵入したため上官から帰還を命じられるが、クーゴは救援信号をキャッチ、命令を無視して発信源の惑星へと向かう。
だが、惑星に接近した所で小惑星に激突しエンジンにダメージを負ったトロモノス号は不時着し、航行不能となる。不時着した惑星は酸素濃度や植物の生育状況などが地球に近い環境であり、まさに移住にはうってつけと思われた。
そこでクーゴは、その星・惑星Ziの固有生物であるゾイド、｢ケーニッヒウルフ」や、現地の惑星Zi人、ゾイドの多くを知る老人オサンゾと出会う。