魔女に代わり、魔獣が蔓延る世界。
魔獣との戦いが激化する中で、ほむら達の前に“魔法少女の姿をした魔獣"が現れるようになる。
ほむらはまどかの姿をした魔獣に心を囚われ、マミと杏子はたった二人で世界を救うべく戦いに身を投じる。
彼女達の運命は――!?
劇場版[前後編]と[新編]をつなぐ物語、完結!!