使い方によっては世界を平和にも崩壊にも導くと言われる神秘の巻物『聖カバラ秘術書（せいカバラひじゅつしょ）』をめぐって、忍者軍団が中心となって全世界が抗争に明け暮れる近未来世界。とある大都市から遠く遠く離れ、そんな騒動とは無縁の奥伊賀の森に、修行中の駆け出し忍者『あばれ忍丸』がいた。その日も、いつものように修行装置のからくりで目を覚まし、忍犬ポチポチと共に早駆け、葦飛びをこなす。仕上げの精神修養を兼ねた用足しを終え、ふと川上から長い紙が流れて来た事に気付いた忍丸がこれ幸いと拾い上げると、手の中で一気に巻き取られて一巻の巻物となり、数秒の閃光の後に巻物から投影された少女のホログラムに助けを求められた。実は、これこそがとある忍者が命を賭して風魔忍者地獄衆から守り抜いた『聖カバラ秘術書』だったのだ。これをきっかけに忍丸は伊賀、風魔を始めとする秘術書争奪戦に巻き込まれる事となる…。