世界中で妊娠していない女性から子どもが生まれるという異常事態が発生。天才発明家ハーグリーヴズは、そのうち7人の子どもたちを引き取ることを発表し、「世界を救うため」という言葉を残して姿を消した。数年後、エッフェル塔が発狂するという奇怪な事件が起き、特殊能力を持った子どもたちが突如姿を現す。そう、彼らこそハーグリーヴズが育てた“世界を救う”7人のヒーローたち――〈アンブレラ・アカデミー〉だった。
それから20年後、ハーグリーヴズの死をきっかけに集結した彼らは、世界を救うため再び立ち上がるが……?