成績が芳しくない主人公福田ねこは、どこの高校にも合格できず、ひとり置いてけぼりの状態になった。だが後日、盛森学園から唯一の合格証書を受け取ることとなる。しかし入学の日、学長に入学状の受け取りを拒否されてしまい愕然。学園への道すがら出会った少女・鈴原みぃ子との再会を果たすため、必死の懇願の末に見事入学を果たすも、そこは「化け動物が人間社会へ行くための学校」、化アニマル（ばけあにまる）専門学校だったのだ。いろいろなことが待ち受ける、もののけ学園青春グラフィティ!