アラスカの孤島にある核廃棄施設で、訓練中の次世代特殊部隊フォックスハウンドが蜂起、要求が受け入れられなければ核を使うと米政府に通告してきた!キャンベル大佐によって、単独潜入を命じられた元隊員のソリッド・スネーク。彼はそこで、メタルギアREXが開発されていたことを知る。蜂起の首謀者リキッドとは何者なのか?任務に隠された秘密とは?果して、ソリッド・スネークは核ミサイル発射を阻止できるのか。

シャドー・モセス島事件後、反メタルギア財団『フィランソロピー』として活動するスネークとオタコン。新型メタルギアの情報を入手するため、スネークはハドソン川を航行中の偽装タンカーに潜入するが…。2年後、武装集団に占拠された『ビッグ・シェル』へ潜入したのは、VR訓練を受けただけで実戦経験のないフォックスハウンドの隊員、雷電だった。雷電はそこでどんな敵に出会うのか?そして、スネークの行方は。

暗号名ソリッド・スネーク。悪魔の核兵器「メタルギア」を幾度となく破壊し、世界を破滅から救ってきた伝説の男の肉体は急速な老化に蝕まれていた。戦争もまた、ナノマシンとネットワークで管理・制御され、利潤追求の経済行為に変化した。中東、南米、東欧―見知らぬ戦場に老いたスネークは赴く。「全世界的な戦争状況」の実現という悪夢に囚われた宿命の兄弟リキッド・スネークを葬るため、そして自らの呪われた血を断つために。

1964年8月24日、冷戦下のソ連上空、3万フィートを飛行するガンシップから、ひとりの男が舞い降りた。彼の暗号名は“ネイキッド・スネーク”。一度は西側に亡命したが返還された男、「悪魔の兵器」開発者のソコロフを奪還するために単身潜入したスネークを待っていたのは、師匠でもあるザ・ボスと、彼女が率いるコブラ部隊だった。避けられないザ・ボスとの対決。ここから「メタルギア」の物語が始まる―。

1974年。戦争と軍隊を放棄した国家コスタリカに、謎の武装集団が出現。背後には米ソの不穏な思惑が隠れている。平和を望む少女パスの願いをかなえるため密林に潜入したスネークを待ち受けていたのは、10年前に自ら殺害した最愛の恩師ザ・ボスと、完全なる核抑止を実現する自律歩行型核兵器ピースウォーカーだった。ザ・ボスは生きているのか。核抑止による平和は可能なのか。スネークの壮絶な任務が始まる。