日米共謀により極秘裏に建造された、日本初の原子力潜水艦「シーバット」。その艦長に任命された海上自衛隊一の切れ者・海江田四郎は、試験航海中に突如、反乱逃亡した。米軍は「シーバット」撃沈を指令、第7・第3艦隊を南太平洋に集結させる。「シーバット」は、包囲網を敷く米第7艦隊旗艦空母「カールビンソン」の眼前に大胆にも浮上。海江田は全世界に向けて、「シーバット」をして独立国「やまと」を宣言するのだった。