清陵市に住む高校生・長沢喬は、ある日、学校帰りに事故現場に遭遇。そこで異形のネズミに噛まれてしまう。退院直後、帰宅途中に浮浪者に出会い、追いかけた先で化け物のようになった男に襲われる。そして身体の底から欲望の声が聞こえ、その男を殺してしまう。病院の怪しげな医者によると、それはナイトシフトと呼ばれる生物に感染する未知のウィルスで、長沢もネズミから感染したということだった。長沢は治療と引き替えに、半ば脅迫でナイトシフト狩りを引き受けることになったが…。