ある日、地球に巨大な隕石が降って来た。人類はその隕石から出現した「マジックアニマル」と呼ばれる地球上の動物と変わらない外見を持つ凶暴な動物に襲われて危機に瀕するが、どこからともなく現れた魔法使いがマジックアニマルを撃退し人類は救われ、これを機に一大魔法ブームが到来する。
ある者は魔法を身に付け、ある者は大人しくなったマジックアニマルを飼い馴らし、ある者はダンジョンを開拓した。
そして月日は流れ、魔法の専門学校が開校。魔法使い養成専門学校・マジックスター学院のアニマルマスター科へ入学した大塚森たちは、アニマルマスターを目指して日々勉強に励むが…。