西暦2000年。シベリアの山中より古代人のものと思われる謎のミイラが発見された。本来ならば、世紀の大発見となるはずのこの出来事は、巨大組織・WADの手により闇に葬られた。しかし、それから17年後の日本。シベリアでの発見を知る由もなく普通に高校生活を楽しむ少女。麻宮アテナの体に、突然の変化が…古代人の想いが、アテナに未知なる力を覚醒させる。普通に高校生活を楽しんでいた主人公・麻宮アテナは、太古の念に導かれ超能力者として覚醒する。はじめは自身の能力に戸惑うアテナ。だが、テレパシーを使う謎の少年マサトの助言や、仲間の拳崇たちとの能力テストなどで、自在に力を操る域まで成長する。一方、アテナの超能力を狙う巨大組織・WADの攻勢は、地下鉄での事件をきっかけに、さらに激しさを増す。