西暦2036年×月×日、ぼく=タクマは人工冬眠装置のカプセルの中で目覚めた。破滅的な最終戦争をシェルターの中で生き延びたのは、ぼくとリュウと名乗る不思議な少年の二人だけ。彼が語る最終戦争後の地上の様子は、魔族と人間が共棲する悪夢の世界だった。新型爆弾によって歪んだ時空を修復し、地上から魔族を追いはらい、人間の手にとりもどさなければならない。ぼくのコンピュータのディスプレイには、再生への唯一の道、“メシアプロジェクト”のプログラムが表示される。リュウに導かれ、ぼくは悪魔の支配する地上へ向かった。