第1巻　宗教哲学
・宗教哲学骸骨
・宗教哲学講
・宗教哲学骸骨初稿

第2巻　他力門哲学
さきの「宗教哲学骸骨」で，有限無限を基想として宗教全体を貫く普遍的な真理を探求した清沢満之．その究明は，つぎに自己が帰依した他力門仏教へと向けられる．
・在床懺悔録
・他力門哲学骸骨試稿
・有限無限録
・転迷開悟録
・他力門哲学研究
・他力門哲学論文

第3巻　哲学論集
・哲学
・論理学
・心理学
・倫理学
・宗教学

第4巻　哲学史研究
・西洋哲学史試稿
・哲学研究論文
・哲学研究ノート

第5巻　西洋哲学史講義
・古代哲学
・中世哲学
・近世哲学
・近世哲学補遺

第6巻　精神主義
・雑誌『精神界』所収論文
・精神主義論文
・思索
・序文
・養病対話

第7巻　仏教の革新
・教団の改革
・教育の改革

第8巻　信念の歩み―日記
・大学留学　東京
・修道生活　京都
・結核療養　垂水
・革新運動　京都
・内観反省　大浜
・浩々洞　東京
・帰郷安住　大浜

第9巻　信念の交流―書簡
・書簡
・資料
・補遺
・年譜・著述目録