ウェアビースツ・ハンターの仕事は、人の精気を吸って生きる獣人たちを退治すること。新人ハンターの御剣万里也は、自らの肉体を武器に獣人と戦う任務を負って、全寮制男子校『聖なる黒薔薇の騎士学園』に生徒として潜入。ところが、学園に到着するなり妖しげな神父・伊集院白秋に助けられる羽目になってしまう。さらに白秋は夜の懺悔室で万里也の自由を奪い…。