負けず嫌いでちょっと悪ぶったところのある主人公北明日香（きた　あすか）は、一見平凡な東京に暮らす高校生。
しかし、日本の中枢は人知れず大魔王ルシファーの手に落ちており、自然環境の改善など以前よりずっと平和になったと思われる世間の裏側では、密かに悪魔が現世に留まるのに必要な生体マグネタイトを供給する為に、日々残虐行為が繰り返されている事は知るところではなかった。
明日香が通う高校（明日香が中学生の時、高校生であった前作のヒロイン白鷺弓子に一目ぼれし、同じ高校への入学を決意した経緯がある）のクラスメート木戸礼子と関わりを持つまでは。
木戸礼子は影で悪魔と戦っている世界的組織「十字軍」のメンバーだったのだ。それが政府に知れ、捕まりそうになったところを助けたのが明日香だった。その時はまだ彼女との前世の因縁などとは関係無く。
一緒に逃亡を続け、成り行き的に十字軍に協力する事になってしまった明日香だったが、思いがけず彼の思い人白鷺弓子を十字軍が探しているのを知り、礼子と十字軍リーダーのコスタ神父と共に彼女の捕われている新宿の隔離された地域へと潜入する。
そこは平和な世間から一転し、マグネタイトを搾取する為だけに生かされた人々が無意味に殺しあう無法地帯であった。
そして日夜生命の危機と隣り合う事により、明日香の前世、闘神スサノオの力が覚醒を始める。
明日香は無事白鷺弓子を助け出す事ができるのか？明日香に淡い恋心を抱く礼子との因縁とは？

「デジタル・デビル・ストーリー女神転生」他　全３巻の続編に位置付けられる。
前作と比べると全６巻と長丁場であり、それにともない舞台は東京から日本、世界、黄泉へと広がり、ルシファー配下の悪魔、ロキの子孫達、大和の神々、大天使などが続々と登場する。
主人公の座を北明日香に譲った前作の主人公中島朱実ももちろん登場し、作者をして「朱実と弓子が結ばれるまでを描くために書きはじめた」と言わしめている。