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やはり小学生の頃、学校の図書館から借りたのか家で買ってくれたのか、読んだことを思い出します。ふと思い出してまだ読めるか検索しました。

書名は「忍者八郎ざの冒険」じゃなかったですか？全国大学図書館検索システムではそうなっています。
http://ci.nii.ac.jp/ncid/BA32238695

主人公の乗り込んだのはポルトガル船ですね。あとあと行動を共にする船長の名がカピタン・マディラ (マデイラ)、着いた港がリスボアでしたから。
彼の使うのは忍術の域を出て魔術か幻術の類でしたね。