大人気アニメーション『名探偵コナン』の劇場版「ベイカー街の亡霊」（2002年公開）をコミックスとして再構成した、ビジュアルセレクション・シリーズ。

上巻
サワダヒロキは、まだ10歳ながらマサーセッツ工科大に通う天才少年。そのヒロキが、ビルの屋上から投身自殺をした。ヒロキは、ＩＴ産業界の帝王であるトマス・シンドラーのある秘密を知り、精神的に追い詰められてしまったのだ。それから２年後。最新テクノロジーの粋を集めた新作ゲーム「コクーン」の発表会会場で、ゲーム開発責任者の種村が殺された。種村はシンドラーとヒロキの間にある秘密を知り、ヒロキの死は他殺と見て調査をしていたため、口を封じられたのだ。現場に居合わせたコナンは、父・優作、目黒警部らと共に、捜査を開始。種村のダイイング・メッセージから、ゲームの中に犯人の手掛かりがあると推理した。そしてコナンは少年探偵団と共に、コクーンの中にあるステージ「オールドタイム・ロンドン」に進入。犯人につながると思われる、19世紀末のロンドンに実在した殺人鬼「切り裂きジャック」を追う。

下巻
樫村のダイイング・メッセージから、最新テクノロジーの粋を集めた新作ゲーム「コクーン」の中に犯人の手掛かりがあると推理したコナン。コクーンの中にあるステージ「オールドタイム・ロンドン」に進入したコナンは、少年探偵団や諸星秀樹ら財界人たちの二世グループと共に、19世紀末のロンドンに実在した殺人鬼「切り裂きジャック」を追う。一方、現実の世界ではコナンの父・工藤優作、目黒警部、毛利小五郎らが、真相究明のために捜査を続けていた。いくつもの謎が絡み合った物語の結末は…!?